La loi sur l’eau et les milieux aquatiques du 30 décembre 2006 crée la Fédération Nationale de la Pêche et de la Protection du Milieu Aquatique dont la constitution officielle a eu lieu le 5 février 2007 au Ministère de l’Écologie et du Développement Durable. La loi investit la Fédération Nationale de la pêche en France et de la Protection des milieux aquatiques (FNPF) de missions de service public en matière de protection et gestion durable du milieu aquatique. Elle rend obligatoire l’adhésion des fédérations départementales des associations de pêche et de protection des milieux aquatiques à cet établissement d’utilité publique. Elle abroge la taxe piscicole et lui substitue une redevance versée aux agences de l’eau, permettant ainsi de résoudre le problème posé par le caractère non constitutionnel de la taxe piscicole.

Le conseil d’administration est composé de 34 membres issus des fédérations départementales et interdépartementales des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique et d’un membre issu des associations départementales de pêcheurs amateurs aux engins et aux flets. Le budget de la fédération nationale de la pêche qui repose sur les cotisations obligatoires acquittées par les pêcheurs, avoisine les 22 millions d’euros.