Aux termes de l’art. R. 213-13 du code de l’environnement, elle est placée dans les attributions du ministre de la transition écologique et solidaire et est composée des représentants des ministères exerçant des responsabilités en matière d’eau. Cette mission examine les programmes d’équipement, la répartition des ressources et des moyens et spécialement les crédits au budget de différents ministères intéressés. Elle examine également tous les projets de loi, décrets, arrêtés réglementaires, instructions et circulaires portant sur les problèmes de l’eau élaborés par les ministères concernés. La mission interministérielle examine de même les projets d’instruction, adressés par le ministre de la transition écologique et solidaire aux organismes de coordination et aux agences de l’eau.

La mission interministérielle de l’eau peut, en outre, être appelée à donner son avis sur toute question ou document intéressant l’eau, à caractère national, communautaire ou international, que lui soumettra le ministre de la transition écologique et solidaire. La direction de l’eau et de la biodiversité assure le secrétariat de la mission interministérielle de l’eau.