L’évolution de l’organisation et des compétences des collectivités territoriales conduit à doter la région de capacités d’intervention importantes dans le domaine de l’eau et des milieux aquatiques (cf. L211-7 du code de l’environnement).

Le comité régional de la biodiversité constitue un pôle de référence en la matière.

Avec les contrats de projet, la création de parcs naturels Régionaux (art. L333-1 du code de l’environnement), la constitution de réserves naturelles (art. L332-2-1 du code de l’environnement) ou la stratégie régionale pour la bio- diversité (art. L110-3, 2° al. du code de l’environnement), les régions disposent de la capacité d’orienter la gestion de l’eau et des milieux aquatiques sur leur territoire. Le décret du 4 mai 2017 confère d’ailleurs à la région Bretagne le rôle d’animation et coordination en matière de politiques de l’eau.

Leur rôle est significatif dans la mise en œuvre de la gestion de l’eau par la participation aux institutions de gestion (comité de bassin, conseil d’administration des Agences, commission locale de l’eau) ou la mise en œuvre des instruments de gestion (SDAGE, SAGE et démarches contractuelles).

Deux documents régionaux peuvent contribuer de manière plus significative au renforcement de ces compétences : le schéma régional d’aménagement, de développement durable et d’égalité des territoires, qui intègre les enjeux régionaux en matière de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques, et le schéma régional du climat de l’air et de l’énergie (art. L222-3-1 du code de l’environnement). Pour l’Ile de France le schéma régional de cohérence écologique (art. L371-3, III du code de l’environnement).

Construite, jusqu’à présent, sur une articulation entre l’Etat, les départements et les communes, la politique de l’eau tend à s’appuyer sur un nouveau tryptique Union européenne-Région-EPCI.

Cette tendance devrait s’accentuer au rythme de la mise en œuvre des lois MAPTAM et NOTRe puisque la gestion de l’eau et des milieux aquatiques, ainsi que la prévention des inondations, seront confées aux communautés de communes et d’agglomération (EPCI).