L'EPAGA est un syndicat mixte ouvert créé le 14 mars 2008 et reconnu EPTB par arrêté préfectoral du 21 octobre 2008. 
La CLE du bassin versant de l'Aulne, lors de sa réunion du 15 septembre 2009 a désigné l'EPAGA structure porteuse du SAGE. 
Son périmètre de compétence est constitué par le bassin versant de l'Aulne, avec une superficie de 1892 km² répartie sur les territoires de 61 communes finistériennes, 26 communes costarmoricaines et 3 communes morbihannaises, soit un total de 90 communes.

L'EPAGA agit sur chacun des six enjeux du SAGE :

- gouvernance et organisation de la maîtrise d’ouvrage ;

- maintien de l’équilibre de la rade de Brest et protection des usages littoraux ;

- restauration de la qualité de l’eau ;

- maintien des débits d’étiage pour garantir la qualité des milieux et les prélèvements dédiés à la production d’eau potable ;

- protection contre les inondations ;

- préservation du potentiel biologique et rétablissement de la libre circulation des espèces migratrices.