Depuis 2008, avec la mise en œuvre de la révision générale des politiques publiques (RGPP), le niveau régional est devenu le niveau de droit commun pour mettre en œuvre les politiques publiques. L’autorité hiérarchique du préfet de région est garante de la cohésion de l’action interministérielle de l’État sur l’ensemble du territoire régional.
Le préfet de région est le dépositaire de l’autorité de l’État dans la région.
Depuis le décret du 16 février 2010, il a autorité sur les préfets de département, sauf en matière de contrôle administratif, d’ordre public et de sécurité, d’entrée et de séjour des étrangers et de droit d’asile. Le préfet de région est également préfet du département où se trouve le chef-lieu de la région. Le Préfet de région remplit la totalité des prérogatives d'un préfet de département en lien avec son directeur de cabinet, le secrétaire général de la préfecture et les chefs des directions départementales interministérielles. Il dispose aussi d'un secrétaire général aux affaires régionales qui, avec ses services, exerce les missions dévolues au préfet pour ce qui concerne le périmètre régional. En tant que préfet de région, il dirige les services déconcentrés régionaux de l'État. Il relaye la politique du gouvernement sur les grands projets, par exemple celui de l'intercommunalité ou de la mise en place des schémas de services collectifs ou de suivi des programmes de l'Union européenne ;
Il contrôle la légalité et le respect des règles budgétaires des actes de la région et de ses établissements publics ; il préside le comité de l'administration régionale (CAR) qui réunit les préfets de département et les chefs de services déconcentrés régionaux. C’est après l’avoir consulté qu’il arrête le projet d’action stratégique de l’État dans la région ; il prépare, par ses informations et ses propositions, les politiques de développement économique et social et d'aménagement du territoire. Il est chargé de la négociation puis du déroulement des contrats de plan et, depuis la réforme de 2006, des contrats de projets État-région. Le préfet coordonnateur de bassin est le préfet de la région où le comité de bassin a son siège. Il anime et coordonne la politique de l'Etat en matière de police et de gestion des ressources en eau afin de réaliser l'unité et la cohérence des actions déconcentrées en ce domaine dans les régions et départements concernés. Il approuve le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) préalablement adopté par le comité de bassin. Il arrête et met à jour le programme de mesures et le programme de surveillance de l'état des eaux, après avis du comité de bassin.
Il arrête l'évaluation préliminaire des risques d'inondation, la liste des territoires dans lesquels il existe un risque important d'inondation ainsi que les cartes de surfaces inondables et les cartes des risques d'inondation.
Il élabore et arrête les plans de gestion des risques d'inondation en coordination avec les mises à jour des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE). Il préside la commission administrative de bassin. Il est assisté dans ses missions par le délégué de bassin.