Établissement administratif placé sous la tutelle de la direction de l’eau du ministère de la transition écologique et solidaire, les agences de l’eau possèdent la personnalité civile et l’autonomie financière. Les six agences de l’eau regroupent 1800 collaborateurs et ont pour missions de contribuer à réduire les pollutions de toutes origines et à protéger les ressources en eau et les milieux aquatiques. Les agences de l’eau mettent en œuvre, dans les sept bassins hydrographiques métropolitains, les objectifs et les dispositions des schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE), plans de gestion français de la directive cadre sur l’eau et leur déclinaison locale, les SAGE), en favorisant une gestion équilibrée et économe de la ressource en eau et des milieux aquatiques, l’alimentation en eau potable, la régulation des crues et le développement durable des activités économiques (article L213-8-1 Code de l’environnement ; Lema du 30 décembre 2006 – article 82).

Acteurs de la mise en œuvre de la politique publique de l’eau organisée en France autour du principe de la gestion concertée par bassin versant, les agences de l’eau exercent leurs missions dans le cadre de programmes d’actions pluriannuels avec pour objectif final l’atteinte du bon état des eaux (directive cadre sur l’eau d’octobre 2000). Les redevances des agences de l’eau, 1,8 milliard d’euros par an, sont des recettes fiscales environnementales perçues auprès des usagers de l’eau (consommateurs, activités économiques) en application des principes de prévention et de réparation des dommages à l’environnement, mutualisées au titre de la solidarité de bassin. La majeure partie des redevances est perçue via la facture d’eau des abonnés domestiques.

En effet, chaque habitant contribue individuellement à cette action au service de l’intérêt commun et de l’environnement au travers du prix de l’eau. Grâce à ces redevances, les agences de l’eau peuvent ensuite apporter, dans le cadre de leur programme d’intervention des concours financiers (subventions, prêts) aux personnes publiques ou privées qui réalisent des actions ou projets d’intérêt commun au bassin ayant pour finalité la gestion équilibrée des ressources en eau. Appelées à des résultats (le bon état des eaux), les agences de l’eau favorisent l’optimisation environnementale de leurs interventions (aides) en sélectionnant l’efficacité des projets sur les milieux aquatiques, en privilégiant l’action préventive, en travaillant en complémentarité de l’action réglementaire (police de l’eau), de l’action locale et territoriale (contractualisation).

Les 10èmes programmes d’interventions des Agences de l’eau ont pris fin en 2018. En septembre et octobre 2018, les comités de bassin et les conseils d'administration des Agences de l'eau ont adopté les 11e programmes d'intervention, pour la période 2019-2024. Dans certains bassins, près de deux ans de préparation et de concertation ont été nécessaires pour élaborer ces programmes, dans un contexte aigu de maîtrise des dépenses publiques. Ces programmes sont en effet essentiellement financés par les redevances collectées auprès des usagers (consommation d’eau et pollution rejetée dans le milieu naturel), alors que les redevances des Agences de l’eau sont revues à la baisse en application des dispositions de la loi de finances. Par ailleurs, les agences sont appelées désormais à contribuer financièrement à l'action des opérateurs que sont l'Agence française pour la biodiversité, les Parcs nationaux et l'Office national de la chasse et de la faune sauvage. S'agissant du cadre financier des 11èmes programmes, les recettes sont prévues à hauteur de 12,63 milliards d'euros sur six ans. C'est une somme intermédiaire par rapport aux deux programmes précédents : 13,6 milliards d'euros pour le 10ème programme et 11,4 milliards d'euros pour le 9ème programme.