Au terme de la loi n° 92-3 du 3 janvier 1992, le préfet anime et coordonne la politique de l'état en matière de police et de gestion des ressources en eau afin de réaliser l'unité et la cohérence des actions déconcentrées de l'état en ce domaine. Il a autorité sur les services déconcentrés : directions départementales des territoires, directions départementales de la protection des populations, Inspection des installations classées). Dans le cadre de la RGPP, le préfet, soumis à l’autorité hiérarchique du préfet de région, aura autorité directe sur les unités départementales des services régionaux lorsqu'elles traiteront de dossiers relevant de domaines de sa compétence. Il exerce un pouvoir de police générale et certains pouvoirs de polices spéciales : police des installations classées, police des cours d'eau domaniaux et non domaniaux, police de la pêche, etc. Il est compétent pour toutes les mesures relatives à la répartition des eaux, au libre écoulement et à la conservation des eaux (déversements, construction d'ouvrages, extraction dans le lit des rivières, exécution des travaux, curage et faucardement).
Selon l'article 18 de la loi du 3 janvier 1992, le préfet a le pouvoir de prescrire à la personne à l'origine d'incidents ou d'accidents présentant un danger pour la qualité, la circulation ou la conservation des eaux, les mesures à prendre pour mettre fin à ces dommages, ou à en circonscrire la gravité en imposant les analyses à effectuer. Ses pouvoirs se sont accrus avec les décrets du 24 septembre 1992.
Par ailleurs la loi du 2 février 1995 confère aux préfets d'importants pouvoirs en matière d'amélioration de l'entretien régulier des cours d'eau : dissolution des associations syndicales de propriétaires riverains chargées de l'entretien des cours d'eau ayant cessé toute activité depuis 5 ans (art 24), ou réglementation, pour des motifs d'environnement, de la circulation d'engins nautiques sur les cours d'eau non-domaniaux.
A noter que la loi du 7 Août 2015 portant nouvelle organisation territoriale de la République (dite NOTRe) renforce le rôle du préfet de département qui peut désormais, par voie d’arrêté et après avis, définir un projet de périmètre d’EPCI à fiscalité propre ou proposer la dissolution d’un syndicat de communes ou syndicat mixte figurant au schéma départemental de coopération intercommunale.